Nacionalinės švietimo agentūros struktūriniai padaliniai: stebėsenos ir vertinimo departamentas (vykdo švietimo stebėseną, organizuoja ir administruoja mokinių pasiekimų patikrinimus, brandos ir kitus egzaminus ir kt.); švietimo pagalbos departamentas (rengia ir vykdo priemones, skirtas švietimo įstaigų darbuotojų kvalifikacijos tobulinimo sistemos plėtrai ir švietimo įstaigų darbuotojų kompetencijų tobulinimui; skatinti švietimo įstaigų veiklos kokybės gerinimą; koordinuoja saugios ugdymuisi aplinkos kūrimui skirtų prevencinių priemonių diegimą ir kt.); ugdymo turinio departamentas (organizuoja ir koordinuoja ikimokyklinio, priešmokyklinio ir bendrojo ugdymo turinio kūrimą ir jo įgyvendinimą); infrastruktūros plėtros departamentas (dalyvauja įgyvendinant švietimo politiką, skatinant švietimo teikėjus užtikrinti švietimo veiklos kokybę, teikiant informacinę, statistinę techninę konsultacinę pagalbą, atliekant mokyklos, regiono, šalies švietimo stebėseną ir švietimo tyrimus ir kt.); bendrųjų reikalų departamentas (organizuoja Agentūros dokumentų valdymą, darbo santykius reglamentuojančius dokumentus, užtikrina Agentūros darbuotojams tinkamas darbo sąlygas, vykdo Agentūros įgyvendinamų projektų stebėseną ir kt.).